Biodatenbanken CRIP

Fraunhofer-Institut für Biomedizinische Technik

»Biobanken« sind Sammlungen biologischer Materialien und zugehöriger Daten. Für die medizinische Forschung erforderliche humane Bioproben werden vorwiegend an Universitätskliniken im Rahmen der Diagnostik und Therapie gewonnen, aufbereitet, mit fallspezifischen medizinischen Daten verknüpft und in der Biobank des Klinikums gelagert.

Aus diesen dezentralen Biobanken werden Daten zunehmend auch Institutionen-übergreifend in »Biodatenbanken« oder »meta-Biobanken« zusammengeführt. Diese enthalten strukturierte Information über die lokal verteilten Probenbestände und dienen dazu,

  • die verteilten Ressourcen für Forscher besser auffindbar und zugänglich zu machen sowie
  • für die angeschlossenen Kliniken und ihre Biobanken Forschungsprojekte zu akquirieren.

Mit der »Central Research Infrastructure for molecular Pathology« CRIP wird am Fraunhofer IBMT seit 2007 eine solche Biodatenbank betrieben und ständig weiter entwickelt. Autonomie, Vertraulichkeit und die Rechte der Partner-Biobanken an ihren jeweiligen Daten und Proben bleiben mit dem CRIP-Know-how des Fraunhofer IBMT ebenso gewahrt wie die Persönlichkeitsrechte der Probenspender und die Daten­schutzgesetze. CRIP ist daher auch Vorbild für weitere Biodatenbanken wie z. B. das „Projekt-Portal im Deutschen Biobanken-Register (P2B2)“, das das Fraunhofer IBMT 2010-2012 zusammen mit der TMF und sechs Partner-Biobanken als Basis einer zentralen deutschen Biobanken-Infrastruktur aufbaut.

Ergänzend zur föderierten Datenbank-Architektur und Software, die das „Rückgrat“ einer Biodatenbank bilden, entwickelt das Fraunhofer IBMT Schnittstellen, Tools und Web-Services

  • zur Klassifikation/Annotation medizinischer Befundtexte, die als Freitext vorliegen (Semi-Automated Annotation Tools; SAAT)
  • zur Extraktion forschungsrelevanter Daten aus der klinischen IT-Umgebung
  • zur Vernetzung mit weiteren europäischen meta-Biobanken.

Somit ist das Fraunhofer IBMT serviceorientierter Vermittler zwischen klinischen Biobanken und Anwendern aus der Forschung. Es trägt zur Basis für eine umfassende deutsche Biobanken-Infrastruktur maßgeblich bei.